Ураганни ветрове, градушки с големината на юмрук, земетресения и наводнения подлудиха България през последните години. В Перник природата също не пропусна да напомни за себе си.Истински воден ад се разигра през юни 2005 г. В една лятна вечер невиждан порой наводнява централната градска част, изравя асфалта по улиците и изкоренява дървета. Часове по-късно обаче идва и истинското бедствие. Река Струма прелива на пет места в града. Налага се да бъдат затворени пътни артерии, разпуснати са училища и детски градини, а в града е обявено бедствено положение.2007 г. пък Перничани ще запомнят с гръмотевичните бури, която една не отнеха живота на футболен треньор. На 14 юни той е на игрището в квартал Димова махала и води разговор с едно от момчетата. Изведнъж се завихря буря, а след това спомените на мъжа изчезват. Когато идва в съзнание, той е в болница и вече е обявен за медицинско чудо.Венелин се е превърнал в жив гръмоотвод на мълния с голяма сила, която го удря в главата и излиза през крака му, преминавайки по цялото му тяло. Футболният екип и маратонката му са стопени от електрическата сила, а той се бори се за живота си в продължение на 5 дни, през които е поставен в изкуствена кома.След кратко затишие на природата пет години по-късно водите отново залива града. През декември 2010 г. заради порои нивото на Струма отново е критично високо и се налага да бъде обявено частично бедствено положение. Тогава се къса и стената на микроязовира в с. Големо Бучино. Евакуирани са над 30 къщи, издигнати са изкуствени диги край речните корита и са изпомпва водата от наводнените имоти. Евакуират хората от две улици в Батановци. Наводняват се села в Радомирско. Заради наводненият е спряно движението на влаковете по жп линията София – Перник в участъка между Драгичево и гара Разпределителна в Перник. Река Струма заля ж.п. линията между София и Перник.Най-тежка за Перник обаче се оказва 2012 г. Още през януари месец се налага да бъде обявено бедствено положение заради обилни снеговалежи, които буквално парализарт цялата област. Преспи по 4 метра затварят пътните артерии, отново са разпуснати училищата, детските градини и институциите.Няколко дни по-късно през февруари 2012 г. ситуацията се повтаря с нова сила. В преспите на пътя за с. Мещица тогава в продължение на 5 часа бедстват над 20 души. Част от тях бяха изтеглени с багер, осигурен от шефа на старческия дом в Брезник. В спасителната операция се включва и полицията и Гражданска защита.Три месеца по-късно с настъпването на пролетта пък Перник е разтърсен от най-силното земетресение, което областта е преживявала. Земята тогава се разлюля с 5,8 по Рихтер, нанесе поражения на 80% от сградния фонд, а жителите на Перник все още не са преодолели напълно стреса от труса и последвалите вторични намествания на земната кора, които бяха хиляди.